苗床病害多，常見的有猝倒病、立枯病、灰霉病、炭疽病、枯萎病等，防治方法為：

一、種子消毒用55度的溫水浸種15分鐘，可殺死附在種子表面上的病菌，同時起到催芽作用。對猝倒病、番茄早疫病、茄子褐紋病，可用福爾馬林100倍液浸種10~15分鐘，然后用清水沖洗干凈，晾干后播種。對炭疽病可用硫酸銅100倍液浸種5分鐘即可。

二、床土消毒用70％五氯硝基苯粉劑與65％代森鋅可濕性粉劑或福美雙可濕性粉劑等量混合，每平方米苗床用藥8-9克，再與15公斤干細土拌勻后墊土和蓋土。也可每平方米用70％敵克松5克與加倍的細土拌勻后撒在苗床內。如果床土比較干燥，可用代森鋅銨200-400倍液，每平方米床土澆2—4公斤，既消毒又可起到濕潤床土的作用。

三、精心護苗床溫要求出苗前保持30度，出苗后20-25度。晴天控溫25度，陰天16度，夜間比白天低7-10度。底水澆足濕透表土10~13厘米，做到白天濕、晚上干，晴天濕、陰天干。苗子出土后要經常通過低溫和控制澆水來進行煉苗，定植移栽前7天，沒有風雨霜的夜晚還要進行露天煉苗。

四、及時用藥每隔10-15天，用65％代森鋅600-800倍液噴霧1次，也可用50％代森銨和70％托布津1000倍液交替使用。當苗床出現個別病株時，應立即將病株拔除，及時噴藥，防止病害蔓延。