魚(yú)菜共生系統(tǒng)是一種可持續(xù)發(fā)展的水產(chǎn)養(yǎng)殖系統(tǒng)，通過(guò)建立生物循環(huán)系統(tǒng)，同時(shí)種植蔬菜和魚(yú)類(lèi)，從而達(dá)到節(jié)約水資源、降低氮素排放、增加食物產(chǎn)出等多重目的。然而，魚(yú)菜共生系統(tǒng)也存在以下一些問(wèn)題：
      1、養(yǎng)殖密度過(guò)高：為了提高魚(yú)類(lèi)和蔬菜的生產(chǎn)效率，有些魚(yú)菜共生系統(tǒng)可能會(huì)采用過(guò)高的養(yǎng)殖密度，導(dǎo)致水質(zhì)長(zhǎng)期處于不穩(wěn)定狀態(tài)，影響?zhàn)B殖效果。

      2、飼料質(zhì)量差：許多魚(yú)菜共生系統(tǒng)會(huì)采用廉價(jià)的飼料，這些飼料的成分和質(zhì)量難以保證，可能會(huì)引起水環(huán)境的污染，并增加養(yǎng)殖成本。

     3、病蟲(chóng)害防治問(wèn)題：對(duì)于某些病蟲(chóng)害的防治，化學(xué)藥物和某些農(nóng)藥可能會(huì)危害到水質(zhì)和環(huán)境，從而影響?zhàn)B殖效益。
     4、水質(zhì)監(jiān)測(cè)不足：定期監(jiān)測(cè)水質(zhì)、排放和氮素循環(huán)等參數(shù)對(duì)于魚(yú)菜共生系統(tǒng)的運(yùn)行非常重要。然而，由于缺少專(zhuān)業(yè)的水質(zhì)監(jiān)測(cè)設(shè)備和專(zhuān)業(yè)人員，許多魚(yú)菜共生系統(tǒng)未能進(jìn)行充分的水質(zhì)監(jiān)測(cè)和排放監(jiān)測(cè)，難以有效控制養(yǎng)殖過(guò)程中的各項(xiàng)指標(biāo)。
     5、土壤污染問(wèn)題：在魚(yú)菜共生系統(tǒng)中，由于頻繁施肥和飼料浸泡在水中，可能會(huì)導(dǎo)致土壤污染和長(zhǎng)期老化。